Die heutige Kirche Sant Miquel, bis zum 14. Jh. dem Heiligen Pere gewidmet, ist die letzte Spur der baulichen Tätigkeit des Bischofs Ermengol in La Seu d’Urgell im 11. Jh. Die Kirche verfügt über nur ein Schiff, mit einem Querschiff am Ende, zu dem hin sich drei halbrunde Apsiden öffnen. Die momentane Deckenkonstruktion ist das Resultat einer gotischen Abänderung; zwei Holzbalken die sich auf diaphragmische Spitzbögen stützen. Das Querschiff selbst wird bedeckt von einem Tonnengewölbe.
Als die Dominikaner im 14. Jh. ihr Kloster ins Innere von La Seu d’Urgell verlegten, wurde ihr Gotteshaus am Standort der ehemaligen romanischen Kirche Sant Miquel erbaut. In diesem Moment wurde die bisherige Widmung an Sant Pere aufgehoben und durch die an Sant Miquel ersetzt, dem Namen, unter dem man die vom Bischof Ermengol erbaute Kirche heute kennt.
Zu Beginn des 15. Jh. veranlasste man die Erbauung eines großartigen gotischen Altaraufsatzes zu Ehren von Sant Miquel und Sant Pere, der das gesamte Becken der mittleren Apsis bedeckte. Das Werk von Bernat Despuig und Jaume Cirera befindet sich zur Zeit im Nationalen Kunstmuseum Kataloniens (Museu Nacional d’Art de Catalunya), zusammen mit den ehemaligen Wandmalereien im romanischen Stil, die die Apsis schmückten, als die Kirche noch Sant Pere gewidmet war. Aus dem malerischen Gesamtkonzept sticht insbesondere der wichtige Pantokrator (eine Jesus-Ikone) hervor.
