L’édifice de plan rectangulaire du Deganat (doyenné en catalan) est adossé à l’église Sant Miquel et délimite le cloître de la cathédrale par le secteur sud. Il faisait originairement partie du chapitre des chanoines de la cathédrale. Au cours du XIIIe siècle, il devint le siège du doyenné de l’Urgellet, une nouvelle unité administrative ecclésiastique instaurée dans les diocèses catalans en substitution des archidiaconés.
En 1822, un groupe de volontaires royalistes opposés au régime du Triennat libéral occupa La Seu d’Urgell et forma la Régence d’Urgell, ou la Régence suprême de l’Espagne, qui devait prendre la place du gouvernement du roi Ferdinand VII pendant sa captivité. La nouvelle régence établit son siège dans l’édifice du Deganat. On dit populairement que La Seu d’Urgell devint la capitale de l’Espagne.
En 1980, après être resté quasi à l’abandon pendant des années, le Deganat accueillit l’extension du musée diocésain d’Urgell.
