L’edifici del Deganat, de planta rectangular, està adossat a l’església de Sant Miquel, i tanca el claustre de la catedral pel sector del migdia. Originàriament formava part de les dependències del capítol dels canonges de la catedral. Durant el segle XIII fou reconvertit en la seu del deganat de l’Urgellet, una nova unitat administrativa eclesiàstica instaurada als bisbats catalans en substitució dels ardiaconats.
L’any 1822 un grup de voluntaris reialistes, contraris al règim del Trienni Liberal, ocupà la Seu d’Urgell i va constituir l’anomenada Regència d’Urgell o “Regencia Suprema de España” que havia de substituir el govern del rei Ferran VII durant la seva captivitat. La nova Regència va establir la seva seu a l’edifici del Deganat. Per aquest motiu, a nivell popular, es diu que la Seu d’Urgell va ser la capital d’Espanya.
L’any 1980, després d’anys de pràctic abandó, el Deganat va acollir l’ampliació del Museu Diocesà d’Urgell.
