A partir del segle XVI, els frares agustins assumirien les tasques assistencials documentades al voltant d’un hospital de leprosos que es trobava als afores de la Seu d’Urgell des del segle XIII. A instàncies dels cònsols, els frares agustins es van establir a l’interior de la ciutat i van posar les bases del seu convent, al peu del barri de Soldevila. L’any 1585 s’hi posava la primera pedra. Tanmateix les obres s’allargarien durant tot el XVII i part del XVIII. Al segle XIX, amb la desamortització de Mendizábal, el conjunt es va cedir a les noves dependències de l’hospital, del qual n’esdevindria el nucli generador.
L’església conventual de Sant Agustí es va construir seguint els criteris de l’estil gòtic. És una església d’una sola nau i amb absis poligonal cobert amb volta de creueria. Originàriament la nau havia estat coberta amb un embigat de fusta de doble vessant, sostingut per tres arcs de diafragma de perfil apuntat.
L’any 1990, molt després de la pèrdua de la seva funció de culte, i després d’haver funcionat com a polvorí durant uns anys, es va proposar la ubicació en aquest edifici esdevingut municipal de la nova Biblioteca pública de la Seu d’Urgell.
