L’actual seminari de la Seu d’Urgell va ser construït en temps del bisbe Josep Caixal (1853-1879), conegut pel seu caràcter conservador i per la seva militància per la causa carlina.
Va ser edificat als afores de la població, al sector nord, en substitució al seminari anterior que s’havia construït l’any 1592, en temps del bisbe Andreu Capella, on actualment hi ha l’església de la Missió.
L’any 1860 es col·locava la primera pedra del nou seminari, les obres del qual no acabarien fins a principis del segle XX. Concebut com una obra de dimensions colossals per l’arquitecte Romà Samsó, el Seminari Conciliar és un edifici concebut com un llarg pavelló de quatre pisos i golfes, amb tres ales projectades cap al sud, d’estil historicista amb un marcat regust neoromànic. En el seu moment, va esdevenir el gran referent cultural i educatiu del Pirineu.