L’actuel séminaire de La Seu d’Urgell fut construit sous l’évêque Josep Caixal (1853-1879), connu pour son caractère conservateur et son militantisme en faveur de la cause carliste.
Il fut érigé à l’extérieur de l’agglomération, dans le secteur nord, dans le but de remplacer l’ancien séminaire construit en 1592, au temps de l’évêque Andreu Capella, où se trouve actuellement l’église de la Missió.
La pose de la première pierre eut lieu en 1860 et les travaux se prolongèrent jusqu’au début du XXe siècle. Conçu comme une œuvre de taille colossale par l’architecte Romà Samsó, le Seminari Conciliar est un édifice ayant l’apparence d’un long pavillon. Il est composé de quatre étages et de greniers, et comporte trois ailes de style historiciste et néo-roman orientées sud. Il fut à l’époque le centre culturel et scolaire de référence des Pyrénées.