Els bisbes d’Urgell tenen una particularitat que els fa pràcticament únics a tot el món i és que, a banda de dirigir la diòcesi d’Urgell, la més extensa de Catalunya, són caps d’estat del Principat d’Andorra, de forma conjunta i indissociable amb el President de la República Francesa. Aquesta realitat, arrelada en la complexa història de les relacions humanes de tots dos costats del Pirineu, fa del Palau Episcopal de la Seu d’Urgell no tan sols la residència del bisbe i la seu dels serveis administratius de la diòcesi, sinó també la residència d’un cap d’estat i un espai de representació diplomàtica que fa que una part de l’edifici gaudeixid’extraterritorialitat i sigui considerat, en part, territori andorrà.
Durant l’edat mitjana, els bisbes urgellencs anaren canviant la ubicació de la seva residència d’acord amb les circumstàncies de cada moment. Avançat el segle XIV, van construir el nucli del que seria l’actual palau al sector de llevant de la ciutat. El primer palau tenia una funció clarament defensiva que s’unia a la residencial. Adossat a la muralla de la Seu, el palau era, de fet, un castell amb pati central i torres adossades que reforçava aquest sector defensiu de la Seu d’Urgell.
Al segle XIX el palau fou objecte d’una profunda remodelació de la mà de Calixte Freixa, arquitecte diocesà que també fou responsable d’un dels primers projectes de remodelació del santuari de Núria, el qual dissenyà i executà un projecte historicista de marcada línia neogòtica que, amb algunes variacions posteriors, ha arribat als nostres dies.