L’actual església de Sant Miquel, dedicada fins al segle XIV a Sant Pere, és el darrer vestigi de l’activitat constructiva del bisbe Ermengol a la Seu d’Urgell durant el segle XI. L’església té una sola nau, amb un transsepte a la capçalera al qual s’obren tres absis semicirculars. La coberta actual és fruit d’una reforma gòtica; amb bigues de fusta recolzades sobre arcs de diafragma apuntats. Per la seva part, el transsepte està cobert amb volta de canó.
Al segle XIV, quan els dominics van traslladar el seu convent a l’interior de la Seu d’Urgell, el seu temple fou construït a l’emplaçament de l’antiga església romànica de Sant Miquel. A partir d’aquest moment, l’antiga advocació de sant Pere va ser substituïda per la de sant Miquel, nom amb què es coneix actualment l’església construïda pel bisbe Ermengol.
Ja entrat el segle XV, es va promoure la construcció d’un magnífic retaule gòtic dedicat a sant Miquel i sant Pere, que cobria tota la conca de l’absis central. L’obra, de Bernat Despuig i de Jaume Cirera, es troba actualment al Museu Nacional d’Art de Catalunya, junt amb les anteriors pintures murals d’estil romànic que havien decorat l’absis quan l’església encara estava dedicada a sant Pere. El programa pictòric estava presidit per un Pantocràtor molt rellevant.
