L’actuelle église Sant Miquel, dédiée à saint Pierre jusqu’au XIVe siècle, est le dernier vestige construit sous l’évêque Ermengol à La Seu d’Urgell au cours du XIe siècle. L’église présente une seule nef avec un transept pourvu de trois absides semi-circulaires. L’actuelle couverture est le fruit d’une modification de style gothique, qui incorpora des poutres en bois reposant sur des arcs diaphragmes brisés. Le transept est quant à lui recouvert d’une voûte en berceau.
Au XIVe siècle, lorsque les dominicains déplacèrent le couvent intra-muros, ils firent construire leur temple sur l’emplacement de l’ancienne église romane Sant Miquel. C’est alors que le vocable de saint Michel ou sant Miquel, nom actuel de l’église construite sous l’évêque Ermengol, vint se substituer au vocable de saint Pierre.
Au début du XVe siècle, un magnifique retable gothique dédié à saint Michel et à saint Pierre recouvra tout le fond de l’abside centrale. Réalisée par Bernat Despuig et Jaume Cirera, l’œuvre se trouve actuellement au musée national d’art de Catalogne aux côtés des peintures murales de style roman qui avaient orné l’abside de l’église lorsque celle-ci était encore dédiée à saint Pierre. Le programme pictural était présidé par un remarquable Christ pantocrator.