El edificio del Decanato, de planta rectangular, está adosado a la iglesia de Sant Miquel y cierra el claustro de la catedral por el sector de mediodía. Originariamente formaba parte de las dependencias del capítulo de los canónigos de la catedral. Durante el siglo XIII, fue reconvertido en la sede del Decanato del Urgellet, una nueva unidad administrativa eclesiástica instaurada en los obispados catalanes en sustitución de los arcedianatos.
En el año 1822 un grupo de voluntarios realistas contrarios al régimen del Trienio Liberal ocupó La Seu d’Urgell y constituyó la llamada Regencia de Urgell o Regencia Suprema de España, que tenía que sustituir el gobierno del rey Fernando VII durante su cautividad. La nueva Regencia estableció su sede en el edificio del Decanato. Por ese motivo, popularmente se dice que La Seu d’Urgell fue la capital de España.
En el año 1980, después de años de práctico abandono, el Decanato acogió la ampliación del Museo Diocesano de Urgell.
