Los obispos de Urgell tienen una particularidad que los hace prácticamente únicos en todo el mundo, y es que, además de dirigir la diócesis de Urgell, la más extensa de Cataluña, son jefes de Estado del Principado de Andorra, de forma conjunta e indisociable con el presidente de la República Francesa. Esta realidad, arraigada en la compleja historia de las relaciones humanas entre ambos lados de los Pirineos, hace del Palacio Episcopal de La Seu d’Urgell no solamente la residencia del obispo y la sede de los servicios administrativos de la diócesis, sino también la residencia de un jefe de Estado y un espacio de representación diplomática que hace que una parte del edificio goce de extraterritorialidad y sea considerada territorio andorrano.
Durante la Edad Media, los obispos urgeleses fueron cambiando la ubicación de su residencia de acuerdo con las circunstancias de cada momento. Avanzado el siglo XIV, construyeron el núcleo de lo que sería el actual palacio en el sector de levante de la ciudad. El primer palacio tenía una función claramente defensiva que se unía a la residencial. Adosado a la muralla de La Seu, el palacio era, de hecho, un castillo con patio central y torres adosadas que reforzaba este sector defensivo de La Seu d’Urgell.
En el siglo XIX el palacio fue objeto de una profunda remodelación de la mano de Calixte Freixa, arquitecto diocesano que también fue responsable de uno de los primeros proyectos de remodelación del santuario de Nuria, quien diseñó y ejecutó un proyecto historicista de marcada línea neogótica que, con algunas variaciones posteriores, ha llegado hasta nuestros días.