A partir del siglo XVI, los frailes agustinos asumirían las tareas asistenciales documentadas en torno a un hospital de leprosos que se hallaba a las afueras de La Seu d’Urgell desde el siglo XIII. A instancias de los cónsules, los frailes agustinos se establecieron en el interior de la ciudad y pusieron las bases de su convento al pie del barrio de Soldevila. En el año 1585 se colocaba la primera piedra. Sin embargo, las obras se prolongarían durante todo el siglo XVII y parte del XVIII. En el siglo XIX, con la desamortización de Mendizábal, el conjunto se cedió a las nuevas dependencias del hospital y se convirtió en su núcleo generador.
La iglesia conventual de Sant Agustí se construyó siguiendo los criterios del estilo gótico. Es una iglesia de una sola nave y con ábside poligonal cubierto con bóveda de crucería. Originariamente la nave había sido cubierta con un envigado de madera de doble vertiente, sostenido por tres arcos de diafragma de perfil apuntado.
En el año 1990, mucho después de la pérdida de su función de culto y después de haber funcionado como polvorín durante unos años, se propuso la ubicación en este edificio, convertido en municipal, de la nueva Biblioteca Pública de La Seu d’Urgell.